Jelenleg két ismert OS/2 vírus létezik. Az elsô, OS2vir1 arról ismerhetô fel, hogy az EXE fájlokat letörli és önmagát másolja a helyükre. A másik vírus, Jiskefet már ravaszabb, mivel olyan fertôzött EXE fájlt készít, amelyben megmarad az eredeti adat is, tehát a fájl végrehajtásánál nem feltétlenül derül ki a fertôzöttség. Szerencsére ezek a vírusok nem túl hatékonyak.

Sajnos a DOS- vagy makróvírusok megfertôzhetik az OS/2 operációs rendszert is. A Symantec rendelkezik egy antivírus programcsomaggal (Norton AntiVirus), amelyet OS/2-re is hordoztak. Ezen kívül léteznek még más vírusirtó programok is, mint például Central Point's AntiVirus, McAfee's SCAN és CLEAN, Dr. Solomon's Antivirus Toolkit, Dr. Cohen, vagy F-PROT.

Szerencsére azonban úgy tûnik, hogy a DOS vírusok nem igazán képesek problémát okozni OS/2 alatt. Ez valószínûleg a DOS szekció emulált voltának, a memória terület védettségének, a direkt merevlemez-elérés hiányának, valamint a HPFS fájlrendszer DOS-sal való inkompatibilitásának köszönhetô. Arra azonban mindenképpen fel kell hívnunk a figyelmet, hogy ha DOS-t bootolunk, akkor a vírus tönkreteheti az OS/2 operációs rendszert is.